מערך רפואת הילדים במרכז הרפואי קפלן כולל:
למערך שני אגפי אשפוז, פנימי וכירורגי, בהם ניתן לאשפז ילדים ובני נוער, עד גיל 16 שעברו ניתוחים כגון ניתוחים כלליים (כירורגיית ילדים), ניתוחי אף־אוזן־גרון, ניתוחים אורולוגיים וניתוחים אורתופדיים.
צוות הרופאים, האחיות והעובדים במסגרות הפרה-רפואיות השונות (כגון: דיאטניות, פיזיוטרפיסטיות, ליצנות רפואית וכו') עושים את המרב כדי להעניק שירות מקצועי ומסור ויחס אישי, אכפתי וחם לכל אחד מהילדים. לרופאים הבכירים מומחיות במקצועות-על שונים ברפואת ילדים וכל אחד מהם מקיים מרפאה העוסקת בתחום התמחותו.
