מערך המעבדות במרכז רפואי קפלן מבצע בדיקות בכל תחומי הרפואה: ביוכימיה ,פרמקולוגיה, סמני סרטן, המטולוגיה וקרישה, המטוציטולוגיה, שתן לכללית, בקטריולוגיה, סרולוגיה בקטריאלית וויראלית, אנדוקרינולוגיה, גנטיקה מולקולארית, ציטוגנטיקה, אימונולוגיה קלינית, אבחון נשאות ומעקב HIV, בנק הדם, היסטולוגיה וציטולוגיה.
במסגרת המערך מבוצעות כשלושה מיליון בדיקות לשנה למטופלי המערך האמבולטורי, למאושפזים במחלקות השונות בבית החולים, למאושפזי בית החולים הרצפלד ולבתי-אבות באזור. כמו כן, מבוצעות בדיקות מיוחדות במחוז מרכז, במחוז דרום ובמחוז ירושלים. בנוסף, המעבדה מבצעות בדיקות מחוץ לסל, בדיקות למעבדות מחקר ולגורמי חוץ פרטיים ומסחריים.
המעבדות מצוידות במכשור חדיש, אוטומטי ומתקדם תוך הטמעה תמידית של טכנולוגיות מתקדמות.
כל המעבדות בעלות תו תקן ISO 9001:2015 ועומדות בסטנדרטים בין-לאומיים של איכות, דיוק והדירות מבוטאים בביצוע בקרת איכות יומית פנימית ובקרת איכות בין-לאומית.
במעבדות עובדי מעבדה מוסמכים אקדמאיים בעלי תואר ראשון (B.Sc), תואר שני (M.Sc) ותואר שלישי (Ph.D) בעלי ניסיון עשיר בתחום התמחותם ומתעדכנים בחידושים האקדמיים והטכנולוגיים הקשורים לתחומם.
