המרפאה הגינקואונקולוגית עורכת אבחון, טיפול ומעקב אחר נשים עם ממצאים גידוליים (סרטניים או טרום סרטניים) במערכת המין הנשית - שחלה, רחם, צוואר הרחם, הנרתיק, עריה. בנוסף במחלות שמקורן ברקמה השלייתית.
הטיפול במחלות ממאירות וטרום ממאירות של מערכת המין הנשית תלוי בגורמים רבים הכוללים מקור המחלה, אופי המחלה, מצב גרורתי ומאפייניה האישיים של המטופלת. היחידה הגינקואונקולוגית בבית החולים קפלן תוך שיתוף פעולה עם המכון האונקולוגי בונה את תכנית הטיפול הנכונה והמתאימה ביותר לכל מטופלת.
אוכלוסיית היעד של היחידה היא נשים שאובחנו עם ממצאים טרום סרטניים או סרטניים ממקור מערכת מין הנשית. לאחר ביצוע הערכה הכוללת בדיקה מקיפה, בדיקות מעבדה והדמייה לפי הצורך- יחד עם המטופלת בונים תכנית טיפול מפורטת אשר יכולה לכלול טיפול כירורגי (הכולל ניתוחים לפרוסקופיים, רובוטיים או ניתוחים בגישה פתוחה לפי הצורך), טיפול כימותרפי, קרינתי, ביולוגי וכדומה. לאחר הטיפול הראשוני המטופלת ממשיכות מעקב צמוד על ידי צוות היחידה.
היחידה לגינקואונקולוגיה מהווה חלק מאגף הנשים בבית החולים קפלן- כוללת מיטות אשפוז ומציעה את כל קשת השירותים לצורך אבחנה, טיפול ומעקב אחר המטופלת.
כמו כן ניתן ביחידה טיפול תומך על פי הצורך. צוות היחידה כולל רופאים מומחים בתחום, אחיות מיומנות בטפול במקרים אונקולוגיים, דיאטנית, פסיכולוגית, אחות טיפול בכאב ועובדת סוציאלית.