צוות המחלקה לאורולוגיה בקפלן מעניק טיפול בתחומי האורולוגיה ובהם ניתוחים וטיפולים מכל המגוון להגדלה שפירה של הערמונית ופעולות אנדוסקופיות לטיפול באבנים בדרכי השתן.
ניתוחים זעיר-פולשניים (לפרוסקופיים), אנדוסקופיים וכירורגיה אורולוגית פתוחה לטיפול בגידולים סרטניים במערכת השתן כגון: סרטן הכליה, סרטן כיס השתן, סרטן הערמונית, סרטן האשכים וסרטן הפין.
צוות המחלקה מעניק טיפול לבעיות בתפקוד המיני ולבעיות של אורולוגיה נשית ולניתוחי מומים מולדים בילדים.
במרפאה לאורולוגיה מתקיימות פעולות מעקב וטיפולים בסרטן כיס השתן ובכלל זה שטיפות BCG וסינרגו.
המחלקה מקיימת פעילות הוראתית ואקדמית ענפה והיא מסונפת לאוניברסיטה העברית בירושלים.