ב־21 באוקטובר 1948, בשלהי מלחמת השחרור, נכבשה באר-שבע מידי הצבא המצרי. בשנה הראשונה שררה אי-ודאות לגבי עתיד האזור וממשלת ישראל מדיניות ברורה לפיתוח העיר שנוהלה בממשל צבאי.
זמן קצר לאחר הכיבוש הוקם בבאר שבע בית חולים צבאי זמני, שנוהל על-ידי חיל הרפואה של צה''ל, וסיפק שירותי אשפוז ועזרה ראשונה לחיילי צה''ל ולאזרחים המעטים במקום.
באוקטובר 1949, שנה לאחר כיבוש העיר, הועבר בית החולים הצבאי לידי ההסתדרות המדיצינית הדסה. במקביל, נפתחה בעיר מרפאת קופת-חולים, שהייתה כפופה למחוז רחובות. פתיחת בית חולים אזרחי בן 25 מיטות ופתיחת המרפאה, היו הצעדים הראשונים בהפיכתה של העיר לרשות אזרחית.
ב־26 בפברואר 1950 הוכרזה באר-שבע כרשות אזרחית, בראשותו של דוד טוביהו. תושביה הראשונים של באר-שבע מאז כיבושה היו ברובם חיילים משוחררים, והכרזתה כרשות מקומית הביאה להפניית אלפי עולים להתיישב בה.
הגל הראשון שהגיע לעיר מנה כ-6,500 נפש שהגיעו מעירק, מלוב, מתימן, מרומניה ומארצות צפון אפריקה. קשיי הקליטה וצרכי הבריאות המיוחדים של העולים, העלו באופן מיידי על סדר היום הציבורי את שאלת תפקודם של שירותי הבריאות בעיר ובעיקר את יכולתו העתידית של בית חולים הדסה לספק שירותי אשפוז לאיזור הגדול ביותר במדינת ישראל.

בסוף שנת 1952, מנתה אוכלוסיית באר-שבע כ־14,500 נפש ואוכלוסיית אזור הדרום כולו מנתה כ־26,000 נפש. קיבולת האשפוז של בית החולים גדלה ל-50 מיטות בלבד ונדרש פתרון למצוקת האשפוז.
בסוף 1953, פנה דוד טוביהו אל משה סורוקה, מנהלה האדמיניסטרטיבי של קופת-חולים ברעיון היה לבנות בית חולים מרכזי לנגב בבאר-שבע, שייבנה על-ידי קופת-חולים. אבן הנגף בדרכו של הרעיון הייתה עמדתו של דוד בן גוריון, ראש ממשלת ישראל, שסבר כי הנגב צריך להיות מוקד הממלכתיות וכי הממשלה ולא קופת-חולים, היא שחייבת לבנות את בית החולים שישרת את כל תושבי הנגב. לעמדה זו היה שותף יוסף סרלין, שר הבריאות וחבר מפלגת הציונים הכלליים, שפעל להרחיב את שליטת משרד הבריאות במערכת הבריאות כולה.
"המוח המכוון" בדרך להקמת בית החולים היה משה סורוקה. כבר בשנת 1955, כאשר אוכלוסיית באר-שבע מנתה 17,000 איש, וכאשר עיירות הפיתוח דימונה, אופקים, נתיבות וקריית-גת היו בראשית הקמתן או רק בתכנון, היה לו ברור שיש לגשת לבניית בית חולים מודרני ומשוכלל בנגב.
(מתוך: "לתולדות שירותי הרפואה בנגב, 1970-1948").

באוגוסט 1955, נוצר קשר עם דוד דובינסקי, נשיא איגוד תופרי בגדי הנשים בארה"ב. הוא וארגונו היו מוכנים לתרום מיליון דולר להקמת בית חולים בנגב, שיישא את שמם. המגעים עם דובינסקי והבטחת התרומה נעשו תחת מעטה חשאיות, בגלל ההתנגדות מחוץ ומצד גורמים שונים בתוך ההסתדרות.
באוקטובר, לאחר שהושג מימון משלים לבנייה המתוכננת, הוכנה טיוטת הסכם ראשונה בין קופת-חולים לעיריית באר-שבע, ובמקביל הוחל בתכנון המבנה.
בנובמבר קמה בישראל ממשלה חדשה ולתפקיד שר הבריאות התמנה ישראל ברזילי, חבר מפ"ם. חודשיים לאחר מכן, פתחה קופת-חולים במגעים גלויים לקידום נושא ביה"ח בבאר-שבע עם שר הבריאות החדש ועם גורמים ממשלתיים נוספים. במקביל, נוצר קשר עם צה''ל, כדי שגם הוא יהיה שותף לתכנון בית החולים החדש, מתוך הכרה שזהו גם צורך בטחוני, ושבית החולים יידרש לתת מענה לצורכי האשפוז של הצבא בנגב.

ביולי 1956 היו ההכנות למבצע קדש בעיצומן. הראייה המעשית שאפיינה את בן-גוריון היא זו שהטתה את הכף בסופו של דבר - בהיעדר כל פתרון אשפוז אחר, הוא השלים עם תכניתה של קופת-חולים. טדי קולק, אז מנכ''ל משרד ראש הממשלה, נשלח לבשר על כך למשה סורוקה.
בהודעה נכתב: "ראש הממשלה מברך על כך שקופ"ח קיבלה על עצמה לבנות בית חולים זה, בקשת ראש הממשלה בקשר לבנייה היא, שהיא תבוצע בצנע המתאים לארצנו..."
רק במאי 1957, הושג שיתוף הפעולה של צה''ל לאחר שבמבצע קדש שהסתיים, הוכחה את צדקת הטיעונים בדבר חשיבותו הביטחונית של קיומו של בית חולים בבאר-שבע.
ב־23 ביולי 1956 עלו הדחפורים על השטח, ובאוקטובר 1959, כעבור כשלוש שנים, נערך טקס הפתיחה בנוכחות התורם דוד דובינסקי, פנחס לבון, מזכיר ההסתדרות, ראשי ההסתדרות, צמרת מפא''י ואורחים מחו''ל. ראש הממשלה, דוד בן-גוריון, בלט בהיעדרו. רק כעבור שישה חודשים ולאחר ניסיונות שכנוע מרובים, הסכים בן-גוריון לבוא לביקור ממלכתי ראשון בבית החולים.
בתיווכה של פולה רעייתו, נתן דוד בן-גוריון את הסכמתו להצבת פסל ראש שלו באולם הכניסה של בית החולים.
מידע נוסף על ההיסטוריה של המרכז הרפואי סורוקה