פעילותה של המחלקה מתפרסת על פני מספר מוקדים עיקריים:
מחלקת האשפוז
במחלקה 15 מיטות בהם מאושפזים מטופלים הסובלים ממחלות עיניים מורכבות, הזקוקים לבירור, טיפול ומעקב קרובים ומתמשכים, וכן מטופלים לפני ואחרי ניתוחים דחופים ואלקטיביים, ונפגעי תאונות. חלק ניכר מניתוחי העיניים מבוצעים כיום באופן אמבולטורי (ללא אשפוז), כאשר המחלקה מהווה את מוקד קבלת והכנת החולים לניתוח, הדרכה ומתן טיפול ראשוני לאחר הניתוח. המחלקה משמשת גם כחדר המיון לבעיות דחופות בשעות הערב והלילה ובסופי שבוע וחגים.
חדרי ניתוח
מעל 2,500 ניתוחים מבוצעים במחלקה מדי שנה. מירב הניתוחים מבוצעים באופן אלקטיבי, בהתאם לסדרי קדימויות, אך במקרים דחופים מבוצעים ניתוחים בכל שעות היממה.
במחלקת עיניים קיימים שני חדרי ניתוח הממוקמים בתוך המחלקה עצמה . בחדרים אלה מבוצעים ניתוחי עיניים מגוונים בהרדמה מקומית, כגון ניתוחי קטרקט, קיבועי עדשות, גלאוקומה, אוקולופלסטיקה וקרנית. מיקומו של חדר הניתוח בצמוד למחלקה מאפשר לבצע כמות גדולה של ניתוחים מבלי צורך לנייד את המנותחים בין המחלקה וחדרי הניתוח האחרים. חדרי הניתוח מצוידים בכל הציוד המודרני הדרוש, וכן במערכות אודיו-ויזואליות המשמשות להדרכת רופאים וסטודנטים גם מבלי שיכנסו פיזית לאיזור הסטרילי. לחדרי הניתוח צמודים חדרי בדיקה והמתנה, כך שקבלת החולים, הכנתם לניתוח, בדיקתם ושחרורם לאחר הניתוח, מבוצעים כולם באותו האתר.
ניתוחי עיניים מתבצעים גם בחדר הניתוח הגדול של בית החולים. בחדר זה מתבצעים ניתוחים המחייבים הרדמה כללית, וניתוחים מורכבים, דוגמת ניתוחי רשתית, ניתוחי פזילה, וחלק מניתוחי אוקולופלסטיקה וקרנית. כמו כן ישנם מקרים בהם מבצועים ניתוחים משותפים עם
מרפאות החוץ
מרפאות החוץ מהוות את ליבת נפח הפעילות של מחלקת העיניים. במרפאות החוץ פועלות במקביל מרפאות בכלל תתי התחומים של רפואת עיניים, הכוללות את תחומי הרשתית, נוירואופטלמולוגיה, אוקולופלסטיקה, גלאוקומה, קרנית, קטרקט ומקטע קדמי, ילדים ופזילה, ואובאיטיס. במרפאות החוץ מבוצעים מעקבים וטיפולים מרפאתיים וניתן שירות לקהל מטופלים גדול מאוד, עם נפח של כ-45,000 ביקורים בשנה.
בשעות הבוקר כוללת המרפאה גם את חדר המיון לבעיות עיניים דחופות הדורשות מענה מידי.
במרפאה קיים מגוון רחב של אמצעי דימות מתקדמים, הנחוצים לאבחון, מעקב וטיפול במגוון מחלות העיניים. אמצעי דימות אלה מופעלים ע"י צוות ייעודי של טכנאיות עיניים, וכוללים צילומי מקטע קדמי ואחורי, OCT ו-OCTA, שדה ראייה,אנגיוגרפיית פלורסצאין ו-ICG, אולטרסאונד של העיניים, מיפוי קרנית, ביומטריה, ועוד.
כמו כן מתבצעים במרפאה טיפולי לייזר שונים, והזרקות תוך עיניות.
מיון עיניים
פתוח 24/7 בכל יום בשנה, ונותן מענה לבעיות עיניים דחופות. בשעות הבוקר הפעילות מתקיימת בתוך מרפאות חוץ עיניים, ואחר הצהריים וכן בסופי שבוע וחגים במחלקת האשפוז.
שירותים פארא-רפואיים
צוות אורטופטיקה ואופטומטריה נותן את הלווי והשרות האבחנתי והטיפולי, בעיקר לילדים ולסובלים מבעיות פזילה ותשבורת, וכן למטופלים עם מחלות קרנית מורכבות ולאחר ניתוחי עיניים.
צוות טכנאיות העיניים מבצעות את כל בדיקות העזר ודימות העיניים.
כמו כן קיימת נציגה של משרד הרווחה הנותנת שירות, תמיכה והדרכה ללקויי ראייה.
ביוטכנאית מבצעת בדיקות עזר הכוללות בדיקת OCT, שדה ראיה ממוחשב, בדיקות אולטרסאונד, ביומטריה וצילומי עיניים.
מחקר ואקדמיה
במחלקת העיניים מתקיימת פעילות מחקר שוטפת. למחלקה יחידת מחקר עצמאית משלה, שמטפלת במחקרים פנימיים שמבוצעים ומובלים ע"י צוות רופאי המחלקה, וכן במחקרים בינלאומיים רבי-מרכזים רבים שהמחלקה משתתפת בהם. בדרך זו מבוצעים לעיתים במחלקה טיפולים מתקדמים, שנמצאים עדיין בשלבי מחקר ואינם זמינים לציבור הרחב.
במחלקה קיימת גם מעבדת מחקר, שמשמשת לפיתוח שיטות ניתוחיות חדשות ולתרגול.
המחלקה מקיימת גם שגרה אקדמית, הכוללת ישיבות של כלל המחלקה פעמיים בשבוע, ישיבות הוראת למתמחים, הרצאות אורח ויום מחקר שנתי. מומחי המחלקה משתתפים באופן קבוע בכנסים מקצועיים בארץ ובחו"ל ומפרסמים מאמרים בספרות המקצועית.