מכונים ומעבדות

תהליך ניתוח המידע (אנליזה) הראשוני מבוצע על ידי המרכז הגנומי של כללית. ניתוח הנתונים השניוני והשלישוני מבוצעים במרכז הרפואי כרמל. ניתוח הנתונים השניוני נעשה באמצעות DRAGEN (Illumina) או פרנקלין, והשלישוני נעשה באמצעות הכלים הביואינפורמטים של Franklin (Genoox) ו/או - Emedgene (Illumina).

השינויים הגנטיים מפוענחים ומסווגים בהתאם לנומנקלטורה ולהנחיות המקובלות של ה- Human Genome Variation Society (HGVS). קביעת הקשר בין הגנים למחלות נעשית בשימוש במאגרי המידע OMIM ו- ClinGen. כל השינויים הגנטיים מסווגים לאחת מ-5 הקטגוריות (פתוגני - Pathogenic, ככל הנראה פתוגני - Likely pathogenic, שינוי שמשמעותו אינה ידועה - Variant of uncertain significance, ככל הנראה שפיר - Likely benign, ושפיר - Benign), על פי ההנחיות המקובלות לסיווג שינויים גנטיים של American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG).

הפענוח מתבצע ברשימת גנים מוגדרת. ניתן למצוא את הרשימה העדכנית באתר של המכון לגנטיקה בבית חולים כרמל. 

השינויים הגנטיים המדווחים: שינויים גנטיים שאותרו בגנים של הפאנל הנבחר וסווגו כ- Likely Pathogenic / Pathogenic. שינויים גנטיים שמשמעותם אינה ברורה (Variants of uncertain significance) לא ידווחו, אלא רק במקרים נדירים בהריונות עם ממצאים חריגים, במידה וקיימת רלוונטיות קלינית על פי שיקול דעת המעבדה ו/או הגנטיקאי המטפל. 

שינויים שלא מדווחים: לא ידווחו שינויים בגנים אשר לא מופעים ברשימת הגנים לבדיקה (פאנל אקסום פרה-נטאלי), לרבות שינויים בגנים מיטוכונדריאליים. לא ידווחו שינויים שאינם חשודים כגורמים למחלה (בדגש על Benign וכן Likely benign).

בעובר לא ידווחו שינויים גנטיים בגנים הקשורים במחלות המופיעות בגיל מאוחר או הקשורות בסיכון מוגבר לתחלואה בסרטן בגיל מבוגר.

מגבלות הבדיקה: תוצאות הבדיקה מפורשות בהתאם לממצאים הקליניים המדווחים, היסטוריה משפחתית וממצאי מעבדה נוספים. פענוח ופירוש תוצאות הבדיקה מוגבלים למידע הקיים כיום בספרות הרפואית. לפיכך, תוצאת בדיקה תקינה אינה שוללת אבחנה או מחלה גנטית, שכן קיימת אפשרות לקיומם של שינויים גנטיים שלא אותרו או נבדקו בבדיקה. ככלל, הבדיקה אינה מזהה מצבים של מוזאיקה (קיום פסיפס של תאים בעלי הרכב גנטי שונה באותו הפרט). בדיקה זו אינה יעילה לזיהוי שינויים גנטיים באזורים שאינם עוברים ריצוף גנטי בבדיקה זו, כמו אינטרונים, גנום מיטוכונדריאלי, אזורים שאינם מתורגמים (Untranslated R​egions-UTRs), פרומוטורים, אזורי בקרה, אזורים חזרתיים ואזורים המתאפיינים בהרחבה של חזרות נוקלאוטידים.

בשל מגבלות האנליזה השניונית, לא ניתן לשלול את קיומם של שינויים גנטיים באזורים המפורטים כקשים למיפוי, המופיעים מספר פעמים בגנום (לדוגמא במצב של פסאודוגנים). באם מדווחים שינוים באזורים אלו, קיים סיכוי גבוה לממצא כוזב ועל כן מומלץ לאשש את קיומם על ידי שיטות נוספות.

לבדיקה מגבלות טכניות הפוגעות ביכולתה לאתר שינויים כמותיים בחומר הגנטי כגון חסרים ועודפים גדולים, דיזומיה חד הורית (Uniparental Disomy), שינויים אפיגנטיים כגון מתילציה ושינויים חזרתיים, שינויים באזורים בהם קיים הרכב בסיסים מסוים (לדוגמה: GC rich), וכן שינויים כרומוזומליים מבניים (כגון אינברסיות וטרנסלוקציות). לפיכך, שינויים כאלו עשויים להיות קשורים למחלות שלא ניתן לשלול בבדיקה זו. כאשר מאותרים שינויים מסוג Copy number variants (CNVs), אזורי השבר המדווחים הינם הערכה בלבד של מיקום הגנומי; לא ניתן לקבוע בוודאות מהם אזורי השבר באמצעות שיטה זו. הרגישות והספציפיות של טכניקות הריצוף המתקדמות לאיתור CNVs הינה נמוכה. לפיכך, לא ניתן לשלול את קיומם של שינויים כאלו גם כאשר אלו לא דווחו. במגבלות האנליזה השניונית לאיתור חסרים ותוספות, לא ניתן לזהות חסר / תוספת של אקסון בודד והיכולת לזהות חסרים/עודפים הכוללים מספר קטן של אקסונים הנה חלקית בלבד. קיימות שיטות אחרות בעלות רגישות וספציפיות גבוהה לאיתור חסרים ותוספות, כדוגמת בדיקת MLPA.

תוצאות הבדיקה עשויות להיות שליליות כוזבות במקרה של השתלת מח עצם, עירוי דם שבוצע בסמיכות לבדיקה ובמקרים של איכות DNA נמוכה. לא ניתן לשלול לחלוטין תוצאה חיובית כוזבת או שלילית כוזבת על רקע טעות מעבדה. ישנם מקרים שבהם לא ניתן לקבוע בוודאות מאיזה אלל הורי הורש כל שינוי. הפרשנות מבוססת על ההנחה שהמידע שנמסר לגבי קשרי המשפחה הוא מדויק.

ניתוח נתונים מחדש: ככלל לא נערכת בדיקה חוזרת (רביזיה) של הנתונים מעת לעת. בהתחשב במגבלות שתוארו מעלה, הצטברות המידע הגנטי באופן שוטף והשוני בין המעבדות השונות, ניתן לבצע (בהתאם לצורך) אנליזה מחודשת למידע הגולמי במעבדה זו ו/או בכל מעבדה אחרת. במקרים בהם לא מאותרת סיבה למחלה גנטית, ביצוע בדיקה גנומית גם להורים וביצוע אנליזה מחודשת תוך התחשבות בנתונים אלה עשויה להגדיל את הסיכוי לאתר את השינוי הגנטי גורם המחלה. ניתוח נתונים מחדש הינו במימון עצמי.

לאחר השלמת הבדיקות יתכן וחלק מהדגימה ו/או הנתונים המתקבלים מהבדיקה ישמש לבקרת איכות, פיתוח טכנולוגי וקביעת שכיחות מוטציות. מידע ונתונים המצטברים ונאספים מהבדיקות המבוצעות במעבדה עשויים להתפרסם בספרות הרפואית.שימושים כאלו יעשה לאחר הסרת כל סימני הזיהוי מהדגימה/ הנתונים.

סודיות רפואית: המידע המופיע בדו"ח נמצא תחת חיסיון רפואי - סודי ביותר. באחריות המטופלים לוודא שתוכן הדו"ח מאוחסן במיקום מאובטח.

אחסון המידע הגולמי: קבצי המידע הגולמיים (Raw Data) של תוצאות הריצוף הגנטי מאוחסנים בשרתי כללית המאובטחים למשך כשנתיים. העתק של קבצי המידע הגולמיים יועברו לנבדק באמצעות כונן קשיח, עפ"י דרישה.