בנוסף מטפלים במערך הכירורגי והמתקדם של כרמל במגוון רחב של חולים עם מחלות דחופות ואלקטיביות, כמו במחלקה כירורגית א'. שם מתמחים בניתוחי בקע, כיס המרה ודרכי המרה, מחלות שד, המעי הגס, הקיבה, לבלב, כבד, בלוטת המגן, מחלות פי הטבעת ועוד.
במחלקה מתבצעים הניתוחים בטכניקות העדכניות והמתקדמות ביותר כולל ניתוחים בשיטת הלפרוסקופיה המבוצעים בחדרי ניתוח בסטנדרטים הגבוהים בעולם
במחלקה הכירורגית ב' מתאשפזים חולים דרך חדר המיון עקב בעיות כירורגיות דחופות כמו: דלקת חריפה של כיס המרה, דלקת חריפה של התוספתן, דימומים ממערכת העיכול, חסימת מעיים וכאבי בטן מסיבות שונות. כמו כן מטפלים רופאי המחלקה בחדר המיון בחולי טראומה מסיבות שונות כגון תאונות דרכים, נפגעי פיגועים ועוד. המחלקה מתמחה גם בתחום הניתוחים הבריאטריים והיא בעלת מרפאה רב מקצועית לטיפול בהשמנת יתר חולנית.
המחלקות הכירורגיות של כרמל מתמחות בתחומי סרטן השד, פרוקטולוגיה, סרטן המעי הגס, גידולי מערכת העיכול, גידולי הכבד ומערכת המרה, גידולי הרקמות הרכות, מלנומה וסרקומה.
מעבר לפעילות הניתוחית השוטפת והטיפול האישי בחולה נערכים במסגרת המחלקה דיונים אקדמים מקצועיים, ישיבות דיון בתוצאות בדיקות רנטגן וישיבות משותפות עם הצוות הגאסטרואנטרולוגי, פתולוגים ועם צוות המכון הממוגרפי. נערכים סקרי ספרות, מתקיימות ישיבות לדיון בממצאים פתולוגיים, ועוד.
האגף הכירורגי בכרמל עורך גם מדי שבוע ישיבה של המחלקות הכירורגיות השונות לדיון במקרים מיוחדים ולהתעדכנות. לא לחינם זכה בית החולים כרמל בסקר הלאומי של משרד הבריאות בשאלת הסקר היכן המטופל בידיים טובות. המטופל בכרמל נמצא בידיים הכי מקצועיות והכי טובות.
