המעבדה לפתולוגיה הינה חלק מהמכון לפתולוגיה שמטרתו אבחון מחלות וממאירויות.
במעבדה קולטים, מעבדים, חותכים וצובעים דגימות הנשלחות בעיקר מחדרי ניתוח, חדרי פעולה ומחלקות בית החולים.
במעבדה מבצעים בדיקות היסטולוגיה רוטינית, אימונוהיסטוכימיה, היסטוכימיה, אימונופלורסנציה ציטולוגיה וחתכים קפואים לדגימות טריות, המגיעות לאבחון מהיר במהלך הניתוח.
במעבדה מונהגת מערכת בקרה והבטחת איכות העומדת בדרישות התקן הישראלי והתקן הבין-לאומי ISO 9001.