טיפול תרופתי יעיל בעיקר לטיפול בתסמיני כאב. הטיפול התרופתי כולל שימוש במשככי כאבים וטיפול הורמונלי מדכא הנוגד את ההפרשות ההורמונליות המחזוריות של השחלה. טיפול הורמונלי מדכא מטבעו את הפעילות ההורמונלית הטבעית של הגוף ולכן איננו יעיל לטיפול בבעיות פוריות. לנשים הרוצות להרות, במקרים של טיפול תרופתי לא מספק ובהימצאות ציסטות שחלתיות מומלץ לבצע ניתוח.
ניתוח לפרוסקופי הוא אמצעי מצוין לטפל באנדומטריוזיס. במהלך הניתוח אפשר להפריד הידבקויות, לבדוק את כשירות החצוצרות, להסיר נגעים, שטחיים ועמוקים, וציסטות שחלתיות.
אם המחלה מערבת את דרכי העיכול והשתן אפשר להסיר את הנגע במלואו ובכך למנוע את המשך התסמינים. במקרה כזה נדרשת לפעמים כריתה של חלק משלפוחית השתן, השופכן או חלק מהמעי. בגלל אופים המורכב של הניתוחים מומלץ לבצע את הניתוחים אך ורק במרכזים עם מיומנות גבוהה וניסיון רב בטיפול באנדומטריוזיס.
