ציסטות שחלתיות מתחלקות לציסטות פיזיולוגיות ופתולגיות. ציסטות פיזיולוגיות או פונקציונליות הן ציסטות שפירות שלרוב חולפות ספונטנית כעבור 1-2 מחזורי וסת. ישנם מקרים בהם יש צורך בהתערבות ניתוחית כגון מצב של פריצת הציסטה עם דימום לחלל הבטן, ציסטה שנמצאת בתסביב ומונעת זרימת דם תקינה לשחלה וכן מצבים של ציסטות גדולות הגורמות לכאבים עקב מתיחה של מעטפת השחלה. ציסטות פתולוגיות דורשות כריתה ובדיקה היסטולוגית ע''י פתולוג. חלק מהציסטות הפתולוגיות יתגלו כשפירות אך חלקן ממאירות ודורשות לעיתים ניתוח משלים הכולל את כריתת הרחם והטפולות. במקרים בהם מדובר בציסטה פתולוגית עם חשד נמוך לממאירות ניתן לכרות את הציסטה בניתוח לפרוקסופי.
