הפתולוגיה המולקולארית היא תחום בו נעשה שימוש בשיטות הביולוגיה המולקולארית ע"י הפקה של DNA/RNA מרקמת גידול לצורכי אבחון גנטי והתאמת טיפול מכוון אישי וטיפולים ביולוגיים.
יש להבחין בין בדיקות גנטיות של החולה (אלה נעשים במעבדה לגנטיקה)לבין בדיקות גנטיות של רקמת הגידול שנעשות במכון שלנו.
שיטות מולקולאריות בשימוש במעבדה לפתולוגיה מולקולרית:
In Situ Hybridization (ISH)
שיטה המשמשת לאבחון וגילוי מקטעי DNA או RNA בחתך רקמה נבדקת. בשיטה נעשה שימוש בסמנים פלואורסנטים או צבענים לזיהוי, הגברה, חסר, טראנסלוקציה של גן מסוים ברקמת הגידול.
Polymerase Chain Reaction (PCR)
שיטה המאפשרת הגברה של מקטע DNA אחד לאלפי או מיליוני עותקים זהים. ניתן באמצעות שיטה זו להגביר גן או מקטע DNA אחד מתוך כל ה- DNA של החולה ולבצע אנליזות שונות
Real Time PCR (qPCR)
שיטה זו, בדומה ל- PCR, מאפשרת הגברה של מקטע DNA אחד לאלפי או מיליוני עותקים זהים.
יתרון שיטה זו על פני PCR רגיל הוא שהשיטה מאפשרת מעקב כמותי, בזמן אמת, אחר תהליך ההגברה של מקטע ה- DNA. בעקבות כך, השיטה מקצרת את זמן האנליזה של תוצרי ה- PCR ומאפשרת אבחון מהיר ומדויק יותר של מוטציות וממאירויות שונות.
הבדיקות הנעשות במעבדה לפתולוגיה מולקולרית במכון:
- זיהוי הגברה של הגן HER2
- זיהוי מוטציות בגנים: KRAS, BRAF ,EGFR
- טרנסלוקציה ALK/EML4 t(2:2)
- טרנסלוקציות בגידולי רקמות רכות
- טרנסלוקציות בגידולים לימפופרוליפרטיביים כגון: t(14:18), t(11:14), bcl6, t(11:18), c-Myc, t(2:5)
- זיהוי מונוקלונליות בתהליכים לימפופרוליפרטיביים בתאי B ו- T: IgH rearrangement , T-cell receptor gene rearrangement
- זיהוי נוכחות וירוסים כגון EBV, HPV
1. זיהוי נוכחות וירוס ה- Epstein-Bar Virus (EBV):
וירוס ה- EBV שייך למשפחת וירוסי ההרפס והנו ידוע כגורם למחלת הנשיקה. נמצא קשר בין נוכחות וירוס ה- EBV להתפתחות גידולים סרטניים מסוגים שונים כגון: Hodgkin's lymphoma, Burkitt's lymphoma, Nasopharyngeal carcinoma ו- Central nervous system lymphomas.
ניתן לזהות את נוכחותו של וירוס ה- EBV ברקמה באמצעות שיטת ה- CISH. בשיטה זו נעשה שימוש בסמני צבע הנקשרים באופן ספציפי למולקולות RNA של וירוס ה- EBV (אדום) ולגרעיני התאים ברקמה (כחול). גרעין של תא, שעבר הדבקה על ידי EBV, יתקבל בבדיקה זו בצבע אדום. זיהוי נוכחות EBV ברקמת גידול סרטנית מסייע בביסוס האבחנה הפתולוגית.
2. טרנסלוקציה SYT4/SSX, t(X:18):
הבדיקה מבוצעת בשיטת FISH במקרים שיש חשד ל- Monophasic Synovial Sarcoma.
3. טרנסלוקציה :PAX8/PPARg, t(2:3)
הבדיקה מבוצעת בשיטת FISH במקרים שיש חשד ל- Thyroid Follicular Carcinoma.
4. טרנסלוקציה BCL2/IGH, t(14:18):
הבדיקה מבוצעת בשיטת FISH או PCR במקרים שיש חשד ל-Follicular Lymphoma (FL).
5. טרנסלוקציה BCL1/IGH, t(11:14):
הבדיקה מבוצעת בשיטת FISH או PCR במקרים שיש חשד ל-Mantle Cell Lymphoma (MCL) .
6. טרנסלוקציה BCL6 3q27:
הבדיקה מבוצעת בשיטת FISH במקרים שיש חשד ל- B-Cell Non-Hodgkin's Lymphomas (B-NHL), כמו Diffuse Large Cell Lymphomas (DLCL) ו- Follicular Lymphoma (FL).
7. טרנסלוקציה AP12/MALT1, t(11:18):
הבדיקה מבוצעת בשיטת FISH במקרים שיש חשד ל- MALT Lymphoma.
8. טרנסלוקציה c-Myc/IGH, t(8:14):
הבדיקה מבוצעת בשיטת FISH במקרים שיש חשד ל- Burkitt's Lymphoma.
9. טרנסלוקציה NPM/ALK, t(2:5):
הבדיקה מבוצעת בשיטת FISH במקרים שיש חשד ל-ALK+ Lymphoma.
10. זיהוי מונוקלונליות בתהליכים לימפופרוליפרטיביים בתאי B ו- T:
הבדיקה מבוצעת בשיטת ה- PCR במקרים שיש חשד ללימפומה. הבדיקה מאפשרת להבדיל בין לימפומה (גידול סרטני בתאי הלימפה השייכים למערכת החיסון) לבין דלקת תגובתית. כמו כן הבדיקה מבחינה בין לימפומה שמקורה בתאי B לזו שמקורה בתאי T.
11. זיהוי נוכחות וירוס ה- Human Papilloma Virus (HPV):
הבדיקה מבוצעת בשיטת ה- CISH, בין היתר, במקרים שיש חשד להופעת Low Grade SIL (squamous intraepithelial lesions) בצוואר הרחם. בדיקת HPV חיובית תומכת באבחנה של Low Grade SIL. נשים שאובחנו עםLow Grade SIL נכנסות לקבוצת סיכון לחלות בסרטן צוואר הרחם ועל כן חייבות להיות תחת מעקב רפואי, שיכול לכלול גם פעולה כירורגית, על מנת למנוע את התפתחות הסרטן.
