במהלך האשפוז מוענק טיפול פיזיותרפי לחולים לאחר אירוע מוחי וחולים הסובלים ממחלות נוירולוגיות חריפות או כרוניות.
הטיפול כולל הערכה (פיזיקאלית ותפקודית) הפעלה, התאמת אביזרי עזר, הדרכת החולה ומשפחתו.
פיזיותרפיסט העובד במחלקה לוקח חלק בקבלת ההחלטה לגבי המשך מסגרת שיקומית מתאימה לחולה.
במכון לפיזיותרפיה ניתן המשך טיפול נוירולוגי לאחר שחרור החולה ממסגרת שיקומית או כשיקום ראשוני. טיפול משמר מוענק לחולים במצבים כרוניים כמו מחלת פרקינסון, טרשת נפוצה, ליקויי הליכה ושיווי משקל.
יש לציין שבמכון פועלות קבוצות ייחודיות לחולי פרקינסון בשיתוף הריפוי בעיסוק והשירות הסוציאלי. מדובר במודל ייחודי שבו מועבר טיפול כוללני תחת קורת גג אחת.