מומים מולדים בדרכי השתן, מחלות דלקתיות וזיהומיות (כולל זיהומים חוזרים בדרכי השתן), מחלות תפקודיות בכיס השתן (למעט הרטבות לילה), לחץ־דם גבוה, בעיות אלקטרוליטיות ייחודיות, אי־ספיקת כליות ומעקב אחר מושתלי כליה.
המרפאה מפעילה תכנית בירור ייחודית לילדים עם אבנים בדרכי השתן. במרפאה עוקבים ומטפלים גם בילדים עם הפרעה תפקודית קשה בכיס השתן (שלפוחית נאורוגנית), כולל הדרכה לביצוע צינתורים לסרוגין של כיס השתן. ילדים כאלה או אחרים שלגביהם נשקלת חלופה ניתוחית - אורולוגית עוברים בירור במשותף עם אורולוג מומחה במסגרת מרפאה משותפת, אורולוגית־נפרולוגית לילדים ובהנחייתו של פרופ' יעקב קנטי, מנהל
המחלקה האורולוגית.
צוות המרפאה מפעיל שיטה רב תחומית לטיפול באמצעות דיאליזה בחלל הבטן (דיאליזה פריטונאלית) ביתית בחולי אי-ספיקת כליות סופנית.
ילדים עם בעיות אורולוגיות קלות ומבודדות, כגון היפוספדיאס ובעיות בעורלה או באשכים מופנים ישירות
למרפאה האורולוגית (היפוספדיאס) או למרפאה כירורגית ילדים (בעיות באשכים או בעורלה).
במסגרת המרפאה אין מטפלים בבעיות הבאות:
- היפוספדיאס ובעיות אחרות בשופכה - הטיפול במסגרת המרפאה האורולוגית
- בעיות בעורלה או באשכים - הטיפול במרפאה כירורגית ילדים
- הרטבת לילה ראשונית - מרפאת הרטבה מנוהלת על־ידי פסיכולוג, קיימת באזור הדרום דרך הביטוח המשלים וניתנת במרפאה המחוזית
אופן הפנייה למרפאה:
- רופא מטפל בקהילה שולח הפניה בפקס או בדואר
- במקרים דחופים הרופא המטפל יוצר קשר ישירות עם רופא המרפאה
- ביום הביקור יש להביא מכתב ההפניה וטופס התחייבות כספית מהקופה המבטחת
- מומלץ מאד להביא את צילומי אולטרה־סאונד שבוצעו בקהילה