במסגרת המכון להתפתחות הילד  מתקיימות מגוון רחב של מרפאות כגון:

• מרפאות לגיל הרך
• מרפאה לגיל טרום בית הספר
• מרפאה לפגים בסיכון גבוה:
  מתקיימת אחת לשבוע, בימי ג' בשעה 14:00 
  בשיתוף רופאים מצוות מחלקת יילודים ופגים.
• מרפאת תסמונת־דאון
• מרפאת  Torticolis
• מרפאת E'rbs Palsy
• מרפאה להתאמת אבזור וסדים.

מסגרות נוספות במכון:

• שני גנים שיקומיים: המכון להתפתחות הילד, בשיתוף משרד החינוך ועירית באר־שבע, מפעיל שני גנים שיקומיים. בכל גן גננת מוסמכת בחינוך מיוחד  וסייעות ומשולבים בו שמונה ילדים בעלי צרכים מיוחדים, המקבלים את כל הטיפולים השיקומיים על־ידי צוותים פארה־רפואיים (פיזיותרפיה, ריפוי בעיסוק, קלינאות תקשורת, פסיכולוגיה ועבודה סוציאלית).
• מועדונית שיקומית לילדים הסובלים משיתוק מוחין ומבעיות מוטוריות משמעותיות הלומדים במסגרת בית ספר רגילות. הילדים מטופלים פעמיים בשבוע, אחרי שעות הלימודים ומקבלים במכון טיפולים שיקומיים פרה־רפואים, מעקבים רפואים, העשרה במוזיקה, חוגי ג'יודו וספורט, מחשבים, טיפול בקבוצות ועזרה בנושאי למידה ושעורי בית. התכנית מופעלת במימון של משרד הרווחה, משרד החינוך, עמותת איל"ן והמרכז הרפואי סורוקה ובהשתתפות צוות המכון השיקומי של המכון להתפתחות הילד בסורוקה, צוותי חינוך, סטודנטים במסגרת פר"ח ומתנדבים רבים.