"פתולוגיה" : לימוד השינויים המורפולוגים שקיימים באיברים, רקמות ותאים של הגוף, כתוצאה ממחלות, והשימוש בשינויים מורפולוגים אלו הינו על מנת לעשות אבחנה של המחלות. שינויים אילו הם גם מאקרוסקופים, שינויים בגודל, צבע, קונסיסטנציה של ריקמה, וגם מיקרוסקופים הנראים רק במיקרוסקופ, רגיל או אלקטרוני.

תפקידו של המכון לפתולוגיה הוא לבדוק כל רקמה או איבר היוצא מגוף האדם על מנת לקבוע את אבחנת המחלה ולאפשר טיפול רפואי מתאים לחולה.
עבודת המכון מתחלקת לשלושה מישורים עיקריים:
ביופסיות: כל חלק מאיבר או איבר שמוצא מגוף אדם חי בזמן ניתוח נשלח למכון לפתולוגיה לבדיקה. במכון בודקים מדי שנה כ- 30000 ביופסיות. זהו החלק העיקרי של העבודה במכון (כ- 70%).
ציטולוגיה: ניתן לבדוק תאים המוצאים מגוף האדם ולא רק רקמות. התאים מוצאים דרך ניקורים (ניקור שד, בלוטת תריס) כמו כן דרך נוזל כמו שתן, נוזל מיימת, נוזל פלאורלי, נוזל עמוד שדרה או בשפשוף, כמו בדיקת צוואר הרחם (באנגלית PAP SMEAR). הציטולוגיה מהווה כ-20% מעבודת המכון.
אוטופסיות: נתיחות לאחר המוות (מהווה כ-10%).
50% - עוברים לחיפוש מומים.
50% - מבוגרים לבירור והבהרת סיבת המוות.
בזמן הניתוח הפתולוג בודק את כל האיברים של הגוף, כולל מח לפי הצורך ולוקח דגימות לבדיקה היסטולוגית במיקרוסקופ מכל איבר ואיבר. לאחר מכן מחזירים את האיברים לגופה לקבורה. ישנן בפתולוגיה שיטות עזר כמו במקצועות רפואיים אחרים שהן יותר ויותר מתוחכמות: צביעות היסטוכימיות, אימונוהיסטוכימיות, מיקרוסקופ אלקטרוני וביולוגיה מולקולרית.

פתולוג זקוק לידע בקליניקה בנוסף לידע בפתולוגיה ולקשר הדוק עם הרופא המטפל והכירורג, כדי להגיע לאבחנה. זהו מקצוע שיוצר את הקשר בין המעבדה לקליניקה

צוות המכון:

מנהלת המכון: ד"ר דבורה קדרון
סגנית מנהלת המכון: ד''ר זהבי טניה 
מנהל היחידה לפתולוגיה כירורגית :ד"ר אדלשטין יבגני

רופאים בכירים:
 ד"ר קרבצוב ולדימיר, ד"ר שכטמן יצחק

עובדות מעבדה:  ברברה חביב, כרמלה לב, מאשה מינסטר, הדסה פרקש, מלי בן מרדכי.

עובדות מעבדה ציטולוגית:  רוני רונה, שירלי אולספנגר, לאה אלבוים.

 מזכירות המכון:
היסטולוגיה: מורן סונבוליאן, אביבית דוד
ציטולוגיה: שוש פלדמן