המכון לפתולוגיה משרת את כלל מחלקות ביה"ח. צוות המכון לפתולוגיה עוסק באיתור וזיהוי קיומן של מחלות שונות ואבחון דרגת חומרתן בהתבסס על ממצאי דגימות שנלקחו מהמטופלים. בהתאם לאבחנה הפתולוגית מגבש הרופא המטפל את תוכנית הטיפולים המתאימה למטופל.

האבחון הפתולוגי במכון נעשה במספר מישורים :

• בדיקה היסטופתולוגית לביופסיות שנלקחו מרקמות שונות של המטופל, כולל בדיקות דחופות של חתכים קפואים במהלך ניתוח.
• בדיקה ציטולוגית לדגימות תאים מנוזלי גוף שונים (כיח, נוזל מחלל החזה, נוזל מחלל הבטן, שתן וכד'), למשטחים מצוואר הרחם (PAP SMEAR) ולביופסיות מחט עדינה (FNA).
• בדיקות עוברים לחיפוש מומים והבהרת סיבת ההפלה.
• נתיחות לאחר המוות להבהרת סיבת המוות.

צוות המכון לפתולוגיה מספק גם שירות ייעוץ למטופלים ו/או לרופאים המטפלים המבקשים חוות דעת נוספת לבדיקות היסטופתולוגיות וציטולוגיות שבוצעו מחוץ לביה"ח.

לצורך האבחון הפתולוגי נעזרים רופאי המכון במגוון רחב של בדיקות מעבדה העומד לרשותם, כגון: היסטולוגיה רוטינית, היסטוכימיה, אימונוהיסטוכימיה, אימונופלורסנציה, ציטולוגיה ומיקרוסקופ אלקטרוני. כמו-כן, במכון מצויה מעבדה מתקדמת לביולוגיה מולקולארית, אשר מאפשרת לרופאים אבחון בשיטת FISH
(Fluorescent In Situ Hybridization).