המכון לפתולוגיה משרת את מחלקות האשפוז והמערך האמבולטורי של המרכז ובנוסף את מחלקות האשפוז בבית החולים הרצפלד. 
הצוות רפואי והמעבדתי של המכון לפתולוגיה עוסק במתן אבחון לכל דגימות רקמה (ביופסיה) או נוזלי הגוף מניקורים שנלקחים במרפאות, במחלקות אשפוז ולאחר ניתוח. כל רקמה או נגע שהוצאו, במהלך ניתוח על ידי הכירורג בחדר ניתוח או במהלך אשפוז, מועברים למכון לפתולוגיה להכנת תכשירים היסטולוגים שמהווים בסיס לאבחנה.  בהתאם לאבחנה הפתולוגית, מחליט הקלינאי על תכנית טיפולית המתאימה למטופל.
במכון לפתולוגיה מעבדה היסטולוגיה כללית, מעבדה היסטוכימית ומעבדה לציטולוגיה. מידי שנה נבדקים כ-20,000 ביופסיות וכ-3,000 ציטולוגיות.
במהלך ניתוחים, מתבצע חתך קפוא כדי לתת מענה על שאלות המתעוררות במהלך הניתוח.
המכון מבצע נתיחות שלאחר המוות (בעוברים ובמבוגרים).

פעילות אקדמית
הוראת סטודנטים לרפואה, הוראת מתמחים ועובדים פרה-רפואיים.
מחקרית עצמאית או שיתופי פעולה עם הרופאים של המרכז הרפואי.
התייעצויות המגיעות מחוץ לבית החולים.