המחלקה לרפואה דחופה מחולקת ל-3 אגפים: מיון אורתופדי, מיון כירורגי ומיון פנימי. מדי שנה מגיעים למחלקה כ-100,000 מטופלים.
האגף האורתופדי מטפל בפציעות ובחבלות ובמקרים אורתופדיים חריפים בגפיים. האגף הכירורגי מטפל בפציעות אחרות כולל מקרי טראומה וכן במקרי חירום כירורגיים אחרים העלולים להזדקק לטיפול ניתוחי.
מיון פנימי עוסק בכל מצבי החירום האחרים שאינם דורשים טיפול ניתוחי, כולל: נוירולוגיה, מחלות לב ומחלות ריאה.
במסגרת המחלקה פועלת יחידת טראומה, שמטפלת במגוון שלם של נפגעים, בין אם מדובר באירוע טראומה בודד או באירוע רב נפגעים בעקבות תאונות דרכים, תאונת עבודה או פעילות חבלנית עוינת.

פעילות אקדמית ומחקרית   
המחלקה לרפואה דחופה מסונפת לביה''ס לרפואה ע''ש סאקלר באוניברסיטת ת''א. הצוות במחלקה לוקח חלק בהוראת מתמחים וסטודנטים.