מרפאות החוץ של המכון לאונקולוגיה הינן חלון הראווה של המכון. דרכן מתקבלים החולים החדשים לאחר אבחון מחלתם. רופאי המרפאות אוספים את המידע על החולה, משלימים את הבדיקות לפי הצורך על מנת לקבע את היקף המחלה (שלב המחלה) ולהחליט בהתאם על האסטרטגיה הטיפולית המועדפת.
החולים החדשים מוצגים לכול הרופאים בדיון צוות המיועד למטרה זו.

רופא המרפאה הינו הרופא האישי של החולה שילווה אותו לאורך המהלך הקליני בכל התחנות.
אי-לכך רופאי המרפאה עוסקים גם במעקב החולים הן בעת תקופת הטיפול הפעיל והן לאחר סיום הטיפולים.
באופן פונקציונלי מרפאות החוץ מורכבת ממספר יחידות לפי אתר הגידול הראשוני, כדלקמן:

יחידה לאונקולוגיה של מערכת העיכול
יחידה לאונקולוגיה של השד
שירות לגידולי ריאה
יחידה לגידולי ראש-צוואר
יחידה לאונקולוגיה אורולוגית
שירות לאונקולוגיה גינקולוגית
חולים חדשים מופנים למרפאה על ידי הגורם המאבחן, קרי, מחלקה אחרת במרכז הרפואי, בית חולים אחר, רופא בקהילה.
חולה חדש מתבקש לשלוח בפקס או למסור אישית או דרך קרובי משפחה את כל המסמכים הרלוונטיים למחלתו.
הרופא האחראי ליחידה המתאימה לטיפול במחלתו יקבע את הדחיפות לקבלת החולה ומזכירת היחידה תשלח את הזמנת התור וחוברת מידע על מרכז דוידוף.
על החולה להגיע מצויד עם האישור המתאים מהקופה בה הוא מבוטח.
חולה חוזר מתקבל למעקב בתדירויות שונות לפי הטיפול שהוא מקבל, לפי מצבו ולפי פרק הזמן שעבר מאז האבחון.

בנוסף לרופאים צוות המרפאה כולל אחיות, עובדות סוציאליות, פסיכולוג, פסיכיאטר, דיאטנית ומזכירות.

לאחרונה נפתחה יחידה נוספת, היחידה לטיפול פליאטיבי תחת ניהולו של ד''ר שמעון ויין, הכוללת גם אחות המתמחה בטיפול בכאב, לאה לוי. היחידה נותנת שירות לכל יחידות המכון לצורך הקלת הסימפטומים של המחלה, בעיקר כאב, אך גם מצבים אחרים כולל בחילות, קוצר נשימה, עצירות וכד'.