היחידה לאונקולוגיה של מערכת העיכול מעניקה טיפולים אונקולוגיים לחולים עם ממאירויות שונות במערכת העיכול, דהיינו גידולים באיברים שונים במערכת העיכול: מעי הגס, חלחולת (רקטום), ושט, קיבה, לבלב, כיס מרה, דרכי מרה, כבד ופי הטבעת (אנוס).

רופאי היחידה מנהלים את הטיפול הכוללני בחולים עם גידולים אלה, כולל גיבוש המלצה טיפולית על מרכיביה השונים (לדוגמה טיפול כימי-קרינתי לפני או לאחר ניתוח, טיפול כימי משלים לאחר ניתוח, טיפול כימי-קרינתי במקום ניתוח, וכו'), תאום ותזמון מרכיבי הטיפול השונים ומתן הטיפול הכמותרפי, הביולוגי או הקרינתי. רופאי היחידה משתתפים באופן קבוע בישיבות רב-תחומיות שונות, בהם מוצגים מקרים רפואיים מורכבים במיוחד ומגובשות המלצות טיפוליות.

במסגרת היחידה ניתנים הן טיפולים סטנדרטיים והן מגוון טיפולים ניסיוניים, במסגרת מחקרים מבוקרים. הטיפולים הסטנדרטיים כוללים את מיטב האמצעים המוכחים ואילו הטיפולים המחקריים כוללים גישות או תכשירים שאמורים לשפר עוד יותר את התוצאות של טיפולים שמוכרים כיום. מידע נוסף על סוג מחקרים המתבצעים במסגרת היחידה ניתן לקרוא למטה (''פעילות אקדמית ומחקרית'').

פעילות אקדמית ומחקרית 
 
היחידה מעורבת בהכשרה של סטודנטים לרפואה, סטאז'רים לרפואה, מתמחים באונקולוגיה ורוטציונרים מהתמחויות אחרות וממקצועות פרא-רפואיים שונים (סיעוד, תזונה, פסיכולוגיה, ועוד). ביחידה מתנהלת פעילות מחקרית ענפה במגוון סוגים ותחומים:
 
מחקרי מדע בסיסי - בתחום האפידמיולוגיה והביולוגיה של ממאירויות שונות במערכת העיכול. מחקרי ישום של פיתוחים חדשים בפרקטיקה הקלינית (translational research) - לדוגמה, שיטות חדשניות להערכת הפרוגנוזה וסיכויי התגובה לטיפול. מחקרים קליניים בפאזה I-IV - מחקרים הבודקים את הבטיחות והיעילות של שיטות טיפוליות חדשות. חלק מהמחקרים הם מחקרים המתקיימים בארצות רבות בו זמנית ומנוהלים ע"י גופים וחברות בינלאומיים וחלקם הינם מחקרים קטנים וחדשניים יחסית, המנוהלים ע"י קבוצות מחקר קטנות או אף ע"י חוקרים בודדים. חלק מהמחקרים המתבצעים במסגרת היחידה זמינים רק בה - מדובר במחקרים שרופאים ביחידה אחראים הן על הרעיון המקורי, הן על גיבוש התכנית המחקרית והן על ביצועה.  פעילות מחקרית: 

אופן הפנייה:
העברת הפנייה מרופא בצרוף מכתב שחרור ודו''ח פתולוגיה (אם יש) ופרטים מזהים (שם, כתובת ומס' טלפון זמינים). כל הפניות נבדקות ע''י מנהל היחידה או ממלא מקומו תוך 24 שעות מהגעתן ונקבעת דחיפות התור

תהליך קביעת תור:
התור נקבע ע''י מזכירת היחידה, עפ''י הדחיפות והאילוצים והוא ישלח בדואר או במקרה של התראה קצרה יעשה ניסיון להודעה טלפונית; חשוב - להודעת הזימון יצורף דף מסמכים ובדיקות שיש להביא לביקור הראשון. אי הבאת חלק מהמסמכים והבדיקות הנ''ל עלול לגרום עיכוב גדול בגיבוש המלצה וחמור מכך, בהתחלת טיפול חיוני. כמובן שיש להביא כל מסמך רלבנטי, גם אם לא הוזכר מפורשות במכתב הזימון.